Rédacteur en chef de la revue Art Press (1991-1999), membre du comité de rédaction de la Revue Perpendiculaire (1995-1998), Jean-Yves Jouannais a enseigné l’art contemporain à l’Université Paris 8. Entre autres expositions : Topographies de la guerre, Le Bal, Paris, 2011; La Force de l’art, Grand Palais (avec J.-L. Froment et D. Ottinger), 2009 ; L’Idiotie, Expérience Pommery # 2, Reims, 2005; Histoire de l’infamie, Biennale de Venise, 1995; Un art contemporain d’Afrique du sud, La Défense, 1994. Entre autres publications : Artistes sans œuvres (1997); L’Idiotie (2004); L’Usage des ruines (2012); MOAB, Épopée en 22 chants (2018).
Depuis 2008, il se consacre au cycle de conférences « l’Encyclopédie des guerres », rendez-vous mensuel au Centre Pompidou.